東京大学（東京都文京区）が２００４年度、研究費を年度内に使い切ったように装って経理をごまかしたとして、約３３億円の不正支出を東京国税局から指摘されていたことがわかった。
同国税局は、この取引にかかる消費税に重加算税を含めて約７５００万円を追徴課税し、東大は修正申告した。
東大は０４年４月から国立大学法人化しており、法人税の納税義務はないが、国や企業などから受け取った受託研究費（０４年度約２０９億円）に消費税が課せられるようになった。
東大関係者によると、工学部や医学部などで余った研究費を使い切るため、年度内に実験器具や試料などを購入したことにして出入り業者に日付を偽った納品書や請求書を作成させていた。
実験器具などは翌年度に実際に納入されたが、東大はこれらの支出にかかる消費税分を全体の消費税から差し引いて納税しており、同国税局はこの差し引きを認めず、追徴課税したという。
（2008年7月1日12時32分 読売新聞）
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東大には同情すべき点もあるが、10年前の国立大学とは違うのだという認識が必要だろう。同情すべき点というのは、数年前までは大学にはほとんど予算はなく、非常に貧弱な環境で研究をせざるを得ませんでした。その場合、いつお金が手にはいるか分からないので、プールしておいて実験が継続してできるような工夫が必要だったと思います。解決方法は、年度をまたいでも良い予算を多くすること以外にありません。スポンサーの政府・行政が思い切って年度予算という縛りをなくさない限り無理です。
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